中央研究院長翁啟惠3月25日說，考量南北平衡，規劃在台南成立分院，希望帶動學術和產業發展，但仍需尋求行政院和總統府同意。
翁啟惠表示，南部大學曾多次反映，學術活動過度集中在台北，南北往返不便，希望中研院在南部增加學術活動，考量南北區域平衡發展，加上中研院在台南有農業生技中心、考古活動，和搬到台南的交大光電學院也有合作，因此規劃在台南設置分院。
根據中研院初步構想，南區分院將整合農業生技、考古、光電、資訊等資源，同時也會配合南部情況，納入適當的學術領域，而分院位置也選擇交通便利的台南高鐵站附近。
翁啟惠指出，中研院到台南設分院，除了有助於學術發展外，相信也能帶動地方經濟發展，提供更多就業機會，促進南北區域發展平衡，對學術界、產業界都有助益。
翁啟惠也表示，目前選定分院設置地的土地屬於高鐵基金會，可能採用長期貸款方式來取得用地，預算部分除了希望政府編列預算外，也考慮透過募款籌措資金；目前正在彙整相關計畫內容，之後會送到總統府和行政院，待取得同意後才開始著手。
台南市長賴清德同日指出，台南市有化石館，也有新市科學園區內考古遺址，同時還有蔦松文化、牛稠子文化等很多考古遺址，可提供主要的考古場址作為研究。在光電、資訊方面，交通大學光電學院就設在台南市，成功大學電機學院在這方面實力也十分堅強，如果能與中研院光電學術研究進一步結合，可說是相得益彰。
賴清德說，台南市是全國最大農耕地的縣市，同時蘭花生技園區也是全世界最大的，面積175公頃，蘭花產量也是世界之最，每6株蘭花就有1株是來自台灣台南，也有生物科技的研發，包括蘭花化粧品、蘭花香水、還有蘭花面膜，從這些農業生物技術來看，中研院南分院設在台南，對於農業生技絕對有很大的幫助。
